Untuk mewujudkan kebijakan dan sasaran misi-misi yang telah dijelaskan sebelumnya, maka disusunlah program-program pembangunan beserta indikator kinerja pembangunan yang diharapkan dapat tercapai pada akhir periode RPJMD 2009-2014. Capaian tersebut ditargetkan selama kurun waktu 5 tahun ke depan yang ditempuh ke dalam target tahunan, sehingga kinerja pembangunan yang akan diimplementasikan oleh masing-masing SKPD dapat terukur, terarah dan terkendali dalam rangka mewujukan perencanaan pembangunan yang berkelanjutan dan dapat dipertanggungjawabkan.

Program-program pembangunan yang akan dilaksanakan untuk mendukung tercapainya visi dan misi jangka menengah yang telah ditetapkan untuk kurun waktu 2009-2014, diklasifikasikan berdasarkan fungsi dan urusan pemerintahan, sebagai berikut:

01. Fungsi Pelayanan Umum

01.1.06. Urusan Perencanaan Pembangunan

1. Program pengembangan data/informasi.
2. Program kerjasama pembangunan.
3. Program pengembangan wilayah perbatasan.
4. Program perencanaan pengembangan wilayah strategis dan cepat tumbuh.
5. Program perencanaan pengembangan kota-kota menengah dan besar.
6. Program peningkatan kapasitas kelembagaan perencanaan pembangunan daerah.
7. Program perencanaan pembangunan daerah.
8. Program perencanaan pembangunan ekonomi.
9. Program perencanaan sosial dan budaya.
10. Program perencanaan prasarana wilayah dan sumber daya alam.
11. Program perencanaan pembangunan daerah rawan bencana.

01.1.20. Urusan Otonomi Daerah, Pemerintahan Umum, Administrasi Keuangan, Perangkat Daerah, Kepegawaian, dan Persandian

1. Program peningkatan kapasitas lembaga perwakilan rakyat daerah.
2. Program peningkatan pelayanan kedinasan kepala daerah/wakil kepala daerah.
3. Program peningkatan dan pengembangan pengelolaan keuangan daerah.
4. Program pembinaan dan fasilitasi pengelolaan keuangan kabupaten/kota.
5. Program pembinaan dan fasilitasi pengelolaan keuangan desa.
6. Program peningkatan sistem pengawasan internal dan pengendalian pelaksanaan kebijakan KDH.
7. Program peningkatan profesionalisme tenaga pemeriksa & aparatur pengawasan.
8. Program penataan dan penyempurnaan kebijakan sistem dan prosedur pengawasan.
9. Program optimalisasi pemanfaatan teknologi informasi.
10. Program peningkatan penanganan pengaduan masyarakat.
11. Program peningkatan kerjasama antar pemerintah daerah.
12. Program penataan peraturan perundang-undangan.
13. Program penataan daerah otonomi baru.
14. Program pendidikan kedinasan.
15. Program peningkatan kapasitas sumberdaya aparatur.
16. Program pembinaan dan pengembangan aparatur.
17. Program Penataan Kelembagaan dan Ketatalaksanaan.

01.1.23. Urusan Statistik

1. Program pengembangan data/informasi/statistik daerah.

01.1.24. Urusan Kearsipan

1. Program perbaikan sistem administrasi kearsipan.
2. Program penyelamatan dan pelestarian dokumen/ arsip daerah.
3. Program pemeliharaan rutin/berkala sarana dan prasarana kearsipan.
4. Program peningkatan kualitas pelayanan informasi.

01.1.25. Urusan Komunikasi dan Informatika

1. Program pengembangan komunikasi, informasi dan media massa.
2. Program pengkajian dan penelitian bidang informasi dan komunikasi.
3. Program fasiltasi peningkatan SDM bidang komunikasi dan informasi.
4. Program kerjasama informasi dengan mass media.

03. Fungsi Ketertiban dan Ketenteraman

03.1.19. Urusan Kesatuan Bangsa dan Politik Dalam Negeri

1. Program peningkatan keamanan dan kenyamanan lingkungan.
2. Program pemeliharaan kamtrantibmas dan pencegahan tindak kriminal.
3. Program pengembangan wawasan kebangsaan.
4. Program kemitraan pengembangan wawasan kebangsaan.
5. Program pemberdayaan masyarakat untuk menjaga ketertiban dan keamanan.
6. Program peningkatan pemberantasan penyakit masyarakat (Pekat).
7. Program pendidikan politik masyarakat.
8. Program pencegahan dini dan penanggulangan korban bencana alam.

04. Fungsi Ekonomi

04.1.07. Urusan Perhubungan

1. Program pembangunan prasarana dan fasilitas perhubungan.
2. Program rehabilitasi dan pemeliharaan prasarana dan fasilitas LLAJ.
3. Program peningkatan pelayanan angkutan.
4. Program pembangunan sarana dan prasarana perhubungan.
5. Program pengendalian dan pengamanan lalu lintas.
6. Program peningkatan kelaikan pengoperasian kendaraan bermotor.

04.1.14. Urusan Ketenagakerjaan

1. Program peningkatan kualitas dan produktivitas tenaga kerja.
2. Program peningkatan kesempatan kerja.
3. Program perlindungan dan pengembangan lembaga ketenagakerjaan.

04.1.15. Urusan Koperasi dan Usaha Kecil Menengah

1. Program penciptaan iklim usaha kecil menengah yang kondusif.
2. Program pengembangan kewirausahaan dan keunggulan kompetetif usaha kecil menengah.
3. Program pengembangan sistem pendukung usaha bagi usaha mikro kecil menengah.
4. Program peningkatan kualitas kelembagaan koperasi.

04.1.16. Urusan Penanaman Modal

1. Program peningkatan promosi dan kerjasama investasi.
2. Program peningkatan iklim investasi dan realisasi investasi.
3. Program penyiapan potensi sumberdaya, sarana dan prasarana daerah.

04.1.21. Urusan Ketahanan Pangan

1. Program peningkatan ketahanan pangan.

04.1.22. Urusan Pemberdayaan Masyarakat dan Desa

1. Program peningkatan keberdayaan masyarakat perdesaan.
2. Program pengembangan lembaga ekonomi perdesaan.
3. Program peningkatan partisipasi masyarakat dalam membangun desa.
4. Program peningkatan kapasitas aparatur pemerintah desa.
5. Program peningkatan peran perempuan di perdesaan.

04.2.01. Urusan Pertanian

1. Program peningkatan kesejahteraan petani.
2. Program peningkatan ketahanan pangan pertanian/perkebunan.
3. Program peningkatan pemasaran hasil produksi pertanian/perkebunan.
4. Program peningkatan penerapan teknologi pertanian/perkebunan.
5. Program peningkatan produksi pertanian/perkebunan.
6. Program pemberdayaan penyuluh pertanian/perkebunan lapangan.
7. Program pencegahan dan penanggulangan penyakit ternak.
8. Program peningkatan produksi hasil pertanian.
9. Program peningkatan pemasaran hasil produksi peternakan.
10. Program peningkatan penerapan teknologi peternakan.

04.2.02. Urusan Kehutanan

1. Program pemanfaatan potensi sumber daya hutan.
2. Program rehabilitasi hutan dan lahan.
3. Program perlindungan dan konservasi sumber daya hutan.
4. Program pemanfaatan kawasan hutan industri.
5. Program pembinaan dan penertiban industri hasil hutan.
6. Program perencanaan dan pengembangan hutan.

04.2.03. Urusan Energi dan Sumber Daya Mineral

1. Program pembinaan dan pengawasan bidang pertambangan.
2. Program pengawasan dan penertiban kegiatan rakyat yang berpotensi merusak lingkungan.
3. Program pembinaan dan pengembangan bidang ketenagalistrikan.

04.2.05. Urusan Kelautan dan Perikanan

1. Program pemberdayaan ekonomi masyarakat pesisir.
2. Program pemberdayaan masyarakat dalam pengawasan dan pengendalian sumberdaya kelautan.
3. Program peningkatan kesadaran dan penegakan hukum dalam pendayagunaan sumberdaya laut.
4. Program peningkatan mitigasi bencana alam laut dan prakiraan iklim laut.
5. Program peningkatan kegiatan budaya kelautan dan wawasan maritim kepada masyarakat.
6. Program pengembangan budidaya perikanan.
7. Program pengembangan perikanan tangkap.
8. Program pengembangan sistem penyuluhan perikanan.
9. Program optimalisasi pengelolaan dan pemasaran produksi perikanan.
10. Program pengembangan kawasan budidaya laut, air payau dan air tawar.

04.2.06. Urusan Perdagangan

1. Program perlindungan konsumen dan pengamanan perdagangan.
2. Program peningkatan kerjasama perdagangan internasional.
3. Program peningkatan dan pengembangan ekspor.
4. Program peningkatan efisiensi perdagangan dalam negeri.
5. Program pembinaan pedagang kaki lima dan asongan.

04.2.07. Urusan Industri

1. Program peningkatan kapasitas IPTEK sistem produksi.
2. Program pengembangan industri kecil dan menengah.
3. Program peningkatan kemampuan teknologi industri.
4. Program penataan struktur industri.
5. Program pengembangan sentra-sentra industri potensial.

04.2.08. Urusan Ketransmigrasian

1. Program pengembangan wilayah transmigrasi.
2. Program transmigrasi lokal.
3. Program transmigrasi regional.

05. Fungsi Lingkungan Hidup

05.1.05. Urusan Penataan Ruang

1. Program perencanaan tata ruang.
2. Program pemanfaatan ruang.
3. Program pengendalian pemanfaatan ruang.

05.1.08. Urusan Lingkungan Hidup

1. Program pengembangan kinerja pengelolaan persampahan.
2. Program pengendaalian pencemaran dan perusakan lingkungan hidup.
3. Program perlindungan dan konservasi sumber daya alam.
4. Program rehabilitasi dan pemulihan cadangan sumber daya alam.
5. Program peningkatan kualitas dan akses informasi sumber daya alam dan lingkungan hidup.
6. Program peningkatan pengendalian polusi.
7. Program pengembangan ekowisata dan jasa lingkungan di kawasan-kawasan konservasi laut dan hutan.
8. Program pengendalian kebakaran hutan.
9. Program pengelolaan dan rehabilitasi ekosistem pesisir dan laut.
10. Program pengelolaan ruang terbuka hijau (RTH).

05.1.09. Urusan Pertanahan

1. Program pembangunan sistem pendaftaran tanah.
2. Program penataan penguasaan, pemilikan, penggunaan dan pemanfaatan tanah.
3. Program penyelesaian konflik-konflik pertanahan.
4. Program pengembangan sistem informasi pertanahan.

06. Fungsi Perumahan dan Fasilitas Umum

06.1.03. Urusan Pekerjaan Umum

1. Program pembangunan jalan dan jembatan.
2. Program pembangunan drainase/ gorong-gorong.
3. Program pembangunan turap/ talud/ bronjong.
4. Program rehabilitasi/pemeliharaan jalan dan jembatan.
5. Program rehabilitasi/pemeliharaan turap/ talud/ bronjong.
6. Program inspeksi kondisi jalan dan jembatan.
7. Program tanggap darurat jalan dan jembatan.
8. Program pembangunan sistem informasi/data base jalan dan jembatan.
9. Program peningkatan sarana dan prasarana kebinamargaan.
10. Program pengembangan dan pengelolaan jaringan irigasi, rawa dan jaringan pengairan lainnya.
11. Program penyediaan dan pengelolaan air baku.
12. Program pengembangan, pengelolaan, dan konservasi sungai, danau dan sumber daya air lainnya.
13. Program pengembangan kinerja pengelolaan air minum dan air limbah.
14. Program pengendalian banjir.
15. Program pengembangan wilayah strategis dan cepat tumbuh.
16. Program pembangunan infrastruktur perdesaan.

06.1.04. Urusan Perumahan

1. Program pengembangan perumahan.
2. Program lingkungan sehat perumahan.
3. Program pemberdayaan komunitas perumahan.
4. Program perbaikan perumahan akibat bencana alam/ sosial.
5. Program peningkatan ketersediaan dan pencegahan bahaya kebakaran.
6. Program pengelolaan areal pemakaman.

07. Fungsi Kesehatan

07.1.02. Urusan Kesehatan

1. Program obat dan perbekalan kesehatan.
2. Program upaya kesehatan masyarakat.
3. Program pengawasan obat dan makanan.
4. Program pengembangan obat asli Indonesia.
5. Program promosi kesehatan dan pemberdayaan masyarakat.
6. Program perbaikan gizi masyarakat.
7. Program pengembangan lingkungan sehat.
8. Program pencegahan dan penanggulangan penyakit menular.
9. Program standarisasi pelayanan kesehatan.
10. Program pelayanan kesehatan penduduk miskin.
11. Program pengadaan, peningkatan dan perbaikan sarana dan prasarana Puskesmas/Puskesmas Pembantu dan jaringannya.
12. Program pengadaan, peningkatan dan perbaikan sarana dan prasarana Rumah Sakit.
13. Program pemeliharaan sarana dan prasarana Rumah Sakit.
14. Program kemitraan peningkatan pelayanan kesehatan.
15. Program peningkatan pelayanan kesehatan anak balita.
16. Program peningkatan pelayanan kesehatan lanjut usia (lansia).
17. Program pengawasan dan pengendalian kesehatan makanan.
18. Program peningkatan keselamatan ibu melahirkan dan anak.

07.1.12. Urusan Keluarga Berencana dan Keluarga Sejahtera

1. Program keluarga berencana.
2. Program kesehatan reproduksi remaja.
3. Program pelayanan kontrasepsi.
4. Program pembinaan peran serta masyarakat dalam pelayanan KB/ KR yang mandiri.
5. Program promosi kesehatan ibu, bayi dan anak melalui kelompok kegiatan masyarakat.
6. Program pengembangan pusat pelayanan informasi dan konseling KRR.
7. Program peningkatan penanggulangan narkoba, PMS termasuk HIV/AIDS.
8. Program pengembangan bahan informasi tentang pengasuhan dan pembinaan tumbuh kembang anak.
9. Program penyiapan tenaga pendamping kelompok bina keluarga.
10. Program pengembangan model operasional BKB-Posyandu-PADU.

08. Fungsi Pariwisata dan Budaya

08.1.17. Urusan Kebudayaan

1. Program pengembangan nilai budaya.
2. Program pengelolaan kekayaan budaya.
3. Program pengelolaan keragaman budaya.
4. Program pengembangan kerjasama pengelolaan kekayaan budaya.

08.2.04. Urusan Pariwisata

1. Program pengembangan pemasaran pariwisata.
2. Program pengembangan destinasi pariwisata.
3. Program pengembangan kemitraan.

10. Fungsi Pendidikan

10.1.01. Urusan Pendidikan

1. Program Pendidikan Anak Usia Dini.
2. Program Wajib Belajar Pendidikan Sembilan Tahun.
3. Program Pendidikan Menengah.
4. Program Pendidikan Non Formal.
5. Program Pendidikan Luar Sekolah.
6. Program Peningkatan Mutu Pendidikan dan Tenaga Kependidikan.
7. Program Pengembangan Budaya Baca dan Pembinaan Perpustakaan.
8. Program Manajemen Pelayanan Pendidikan.

10.1.18. Urusan Kepemudaan dan Olah Raga

1. Program pengembangan dan keserasian kebijakan pemuda.
2. Program peningkatan peran serta kepemudaan.
3. Program peningkatan upaya penumbuhan kewirausahaan dan kecakapan hidup pemuda.
4. Program upaya pencegahan penyalahgunaan narkoba.
5. Program pengembangan kebijakan dan manajemen olah raga.
6. Program pembinaan dan pemasyarakatan olah raga.
7. Program peningkatan sarana dan prasarana olah raga.

10.1.26. Urusan Perpustakaan

1. Program pengembangan budaya baca dan pembinaan pepustakaan.

11. Fungsi Perlindungan Sosial

11.1.10. Urusan Kependudukan dan Catatan Sipil

1. Program penataan administrasi kependudukan.

11.1.11. Urusan Pemberdayaan Perempuan dan Perlindungan Anak

1. Program keserasian kebijakan peningkatan kualitas anak dan perempuan.
2. Program penguatan kelembagaan pengarusutamaan gender dan anak.
3. Program peningkatan kualitas hidup dan perlindungan perempuan.
4. Program peningkatan peran serta dan kesetaraan jender dalam pembangunan.
5. Program penguatan kelembagaan pengarusutamaan jender dan anak.

11.1.13. Urusan Sosial

Program pemberdayaan fakir miskin, komunitas adat terpencil (KAT) dan penyandang masalah kesejahteraan sosial (PMKS) lainnya.

1. Program pelayanan dan rehabilitasi kesejahteraan sosial.
2. Program pembinaan anak terlantar.
3. Program pembinaan para penyandang cacat dan trauma.
4. Program pembinaan panti asuhan/panti jompo.
5. Program pembinaan eks penyandang penyakit sosial (eks narapidana, PSK, narkoba dan penyakit sosial lainnya).
6. Program pemberdayaan kelembagaan kesejahteraan sosial.

Selain itu masih terdapat beberapa program yang harus diakomodir dan diimplementasikan berkenaan dengan penyelenggaraan kegiatan perkantoran, yaitu:

1. Program Pelayanan Administrasi Perkantoran.
2. Program Peningkatan Sarana dan Prasarana Aparatur.
3. Program Peningkatan Disiplin Aparatur.
4. Program Fasilitasi Pindah/ Purna Tugas PNS.
5. Program Peningkatan Kapasitas Sumber Daya Aparatur.
6. Program Peningkatan Pengembangan Sistem Pelaporan Capaian Kinerja dan Keuangan.